Dupa traditie prima asezare monahala la Zografu dateaza din secolul al IX-lea si se datoreaza celor trei sihastri atoniti Moise, Aron si Ioan, care s-au hotarit sa zideasca aici o manastire. Nestiind ce hram sa-i puna, s-au rugat lui Dumnezeu cu post si priveghere, au asezat o scindura in biserica, incuind usile. Dupa trei zile, descuind biserica, au gasit pictata pe scindura in chip miraculos icoana Sfintului Mare Mucenic Gheorghe. Din ceasul acela marele mucenic a devenit patronul manastirii, care s-a numit "Zografu", adica icoana zugravita prin minune. Arsa si pradata de mai multe ori, in secolele XIII-XIV, a fost innoita de imparatii bizantini Mihail al VIII-lea Paleologul, Andronic al II-lea si Ioan al V-lea Paleologul. Ajungind din nou in ruina in secolul al XV-lea, a fost rectitorita integral de Sf. Stefan cel Mare intre anii 1466-1502. Este dealtfel cea mai mare ctitorie romaneasca din Muntele Athos, numarata a noua in ierarhia manastirilor atonite.

Mai inainte de Sf. Stefan cel Mare, bunicul sau, Alexandru cel Bun dadea ajutor anual manastirii cite 3.000 aspri de argint. Mai tirziu, Radu cel Mare, Neagoe Basarab, Vlad Vintila, Petru Rares, dadeau ajutoare anuale pentru reparatii si intretinere. Alexandru Lapusneanu si sotia lui Ruxandra, plateau birul manastirii catre turci si mai dadeau inca 52.000 aspri de argint. Ultimele ajutoare romanesti le dau domnii fanarioti care fac lucrari de intretinere in secolul al XVIII-lea. Domnitorul Stefan cel Mare a donat Manastirii Zografu steagul sau de lupta impreuna cu o icoana a Sf. Mare Mucenic Gheorghe. Steagul purtat de el in atitea lupte, steagul cu care a cistigat atitea razboaie, se pastreaza de cincisute de ani in Sfintul Munte! Este cel mai inalt act de recunostinta fata de Dumnezeu al unui mare aparator al crestinismului in Europa!